Van'daki isyan bütün hızıyla devam ederken, diğer bölgelerde de Ermeniler isyan ediyor, yol kesiyor ve Müslüman köylerini basarak halkı katlediyorlardı. Türk ordusu savaş alanında olduğu için cephe gerisinde meydana gelen olayları önleyemiyordu. Başkumandan Vekili Enver Paşa bu duruma bir çare olmak üzere 17 C. 1333 (2 Mayıs 1915) tarihinde Dahiliye Nazırı Talat Paşa'ya şu yazıyı yolladı:
"Van Gölü etrafında ve Van Valiliğince bilinen belirli yerlerdeki Ermeniler, isyanlarını sürdürmek için daima toplu ve hazır bir haldedirler. Toplu halde bulunan Ermenilerin buralardan çıkarılarak isyan yuvalarının dağıtılması düşüncesindeyim. III. Ordu Komutanlığı'nın verdiği bilgiye göre Ruslar 5 L. 1333 (20 Nisan 1915) tarihinde kendi sınırları içindeki Müslümanları sefil ve perişan bir halde sınırlarımızdan içeriye sokmuşlardır. Hem buna karşılık olmak ve hem yukarıda bahsettiğim amacı sağlamak için ya bu Ermenileri aileleriyle birlikte Rus sınırı içine göndermek veyahut bu Ermeni ve ailelerini Anadolu içinde çeşitli yerlere dağıtmak gereklidir. Bu iki şekilden uygun olanın seçilmesiyle tatbikini rica ederim. Bir mahzuru yoksa isyancıların ailelerini ve isyan bölgesi halkını sınırlarımız dışına göndermeyi ve onların yerine dışarıdan gelen Müslüman halkın yerleştirilmesini tercih ederim".
Bu yazı ile Enver Paşa, Ermenilerin isyan çıkaramayacak şekilde dağıtılmalarını istiyordu. Yine bu yazıya göre bu tatbikat yalnızca isyan ve karışıklık çıkarılan bölgelerdeki Ermenilere uygulanacaktı. Nitekim uygulama da öyle olmuştur.
Dahiliye Nazırı Talat Paşa, durumun nezaketi karşısında geçici bir kanun çıkmadan ve Meclis-i Vükelâ kararı olmadan bütün sorumluluğu üzerine alarak Ermeni tehcirini başlattı.
Talat Paşa önce Van, Bitlis ve Erzurum bölgelerinde bulunan Ermenilerin savaş alanı dışına çıkarılmalarını, ilgili valilerden 3. ve 4. Ordu komutanlarıyla işbirliği yaparak derhal icraya koymalarını istedi.
Rusya, İngiltere ve Fransa'nın, Doğu ve Güneydoğu Anadolu'da Ermenilerin öldürüldükleri iddialarıyla yaptıkları baskılar sonucu tehcirin sorumluluğunu daha fazla tek başına taşıyamayacağını anlayan Talat Paşa'nın Sadaret'e verdiği tezkire üzerine bir gün sonra 13 B. 1333 (27 Mayıs 1915) tarihinde "Vakt-i seferde icraat-ı hükümete karşı gelenler için cihet-i askeriyyece ittihaz olunacak tedabir hakkında kanun-ı muvakkat"] çıkarıldı ve yürürlüğe kondu.
Böylece komutanlara, asayişi bozan silâhlı saldırgan ve direnişçileri, tecavüz ve direnişleri sırasında imha etme; casusluk ve vatana ihanet eden köy ve kasaba halkını tek tek veya toplu halde başka yerlere sevk ve iskân etme yetkileri verilmekle tehcir işi orduya devredilmiş oldu.
27 B. 1333 (10 Haziran 1915) tarihinde yayınlanan talimatname ile de tehcire tabi tutulan Ermenilerin malları koruma altına alındı. "Emvâl-i Metrûke Komisyonu" (Terkedilmiş Mallar Komisyonu) kuruldu. Bu komisyonlar boşaltılan köy ve kasabalardaki Ermenilere ait malları tespit ederek ayrıntılı defterlerini tutacaktı. Defterin biri mahallî kiliselerde korunacak, biri mahallî yönetime verilecek, biri de komisyonda kalacaktı. Bozulabilir eşya ile hayvanlar açık artırma ile satılacak ve parası korunacaktı. Komisyon bulunmayan yerlerde bu görevi mahallî görevliler yerine getirecekti. Bu malların korunmasından Ermeniler dönünceye kadar hem komisyon hem de mahallî idareler sorumlu olacaktı.