1859'da Cibuti kıyısındaki Ubuk (Obock) şehrini ele geçiren Fransızlar, 11 Mart 1862'de Tecura sultanı Ahmed Ebu Bekir'i kendileriyle bir anlaşma yapmaya zorladılar. Anlaşmaya göre Ubuk şehri 52.000 Frank karşılığında Fransızlara bırakılıyordu. Bu anlaşma Fransızların bölgede hâkimiyet kurmalarına zemin hazırladı. Ubuk'u bir üs edinen ve oraya bir iskele kuran Fransa, sonraki yıllarda Cibuti'deki bütün kabile şeflerini kendisiyle anlaşma yapmaya zorlayarak hâkimiyetine aldığı alanı genişletti. 1888'de İngilizlerin işgali altında bulunan Somali sınırlarına kadar ulaştı. Bu işgalden sonra Cibuti topraklarına Fransız Somalisi adı verildi. Güneyde yer alan bugünkü Somali'ye de o zaman İngiliz Somalisi deniyordu. Çünkü burasını da İngiliz sömürgeciler işgal etmişlerdi. 1888 yılında Fransa'yla İngiltere arasında bir anlaşma yapılarak iki Somali'nin kesin sınırları belirlendi. Bu anlaşmadan sonra Fransız sömürgeciler bölgedeki merkezlerini Ubuk'tan Cibuti'ye taşıdılar.

Cibuti'nin Müslüman halkı Fransız sömürgesini hiçbir zaman kabullenmek istememiştir. Ancak Fransızlar Müslümanların bütün direnişlerini baskıyla ve zulümle bastırdılar. Afar Müslümanlar 1917'de Fransız sömürgecilere karşı geniş çaplı bir ayaklanma başlattılar. Ancak Fransız sömürgeciler bu ayaklanmayı da bütün insanlık dışı uygulamalara başvurarak bastırdılar. Fransız sömürgeciler bir yandan da Cibuti halkını kendi dinlerinden uzaklaştırmak için yoğun misyonerlik faaliyetleri başlattılar. Fransızlar bu işi iki yönlü olarak yürütüyorlardı. Bir yandan İslâmi eğitimi yasaklıyor, Müslümanların dinlerini öğrenmelerini engelliyorlar, bir yandan da getirdikleri misyonerler vasıtasıyla kendilerini yoğun bir hıristiyanlaştırma faaliyetlerine tabi tutuyorlardı. Ancak bütün bu çalışmalarına rağmen hıristiyanlaştırma konusunda hiçbir başarı elde edemediler. Bugün Cibuti'de yaşayan hıristiyanların tamamının Avrupa asıllı olması bunun göstergesidir. Fransızların bu konuda kendi açılarından başarı sayabilecekleri tek şey Müslümanları dinleri hakkında bilgisiz bırakmak suretiyle, onların İslâm öncesi dönemlerine ait bazı adetlerini yeniden canlandırarak bugünkü hayatlarına taşımaları oldu.