1839'da, bugünkü Gabon topraklarını Fransızlar, Portekizlilerden satın alarak buraya bir sömürge merkezi kurdular. Bu satın alma işleminden sonra Fransızlar, Atlas Okyanusu kıyısına bir köle ticareti merkezi kurarak insanları zincirlere vurup satma işini sürdürdüler. Gabon'u Fransız Batı Afrikası'nın bir parçası haline getiren Fransızlar 1886'da burayı Fransız Kongo'suna bağladılar. Fransız sömürgesi döneminde Gabon'da geniş çaplı bir hıristiyanlaştırma çalışması da başlatıldı. Fransız işgalciler maddi yönden destekledikleri çok sayıda hıristiyan misyoneri Gabonluların arasına yaydılar. Ancak misyonerler, geniş maddi imkânlara sahip olmalarına ve bir yüzyıldan fazla çalışma yapmalarına rağmen ülke nüfusunun sadece üçte birine yakın bir kısmını hıristiyanlaştırabilmişlerdir. Misyonerler genelde putperest Gabonlular arasında etkili olabildiler. Müslümanlara yönelik çalışmalarından hiçbir başarı elde edemediler. Fransız sömürgecilerin İslâmi çalışmaları engellemelerine ve Müslümanları kıskaca almalarına rağmen sömürge döneminde, Gabon'da Müslümanların sayısı daha da artmıştır. Bunda Fransız ordusunda görev yapmaya zorlanan Afrikalı Müslüman askerlerin de etkisi oldu. Bu Müslüman askerler Fransızların baskılarına rağmen ordudaki görevleri sırasında dinlerini yaşamaya devam ettikleri gibi çevrelerindeki insanlara da iyi muamelede bulunarak onların İslâm'a ısınmalarını sağladılar. Gabon'a 1958'de Fransız Milletler Topluluğu'na bağlı özerk bir sömürge statüsü verildi. 17 Ağustos 1960'ta da bağımsız bir ülke haline getirildi.